Im Park gibt es etwa 70 Höhlen, von denen jedoch nur die Manita Pec besichtigt werden kann. Die Höhle ist 175 m lang und besteht aus 2 Räumen mit beeindruckenden Stalactiten und Stalagmiten, deren Alter auf 80.000 Jahre geschätzt wird. Keramik-Funde in einigen Höhlen im Parkgebiet belegen, dass die Gegend bereits im Neolithikum bewohnt war. Auch der Ort Starigrad Paklenica entstand an der Stelle einer prähistorischen Siedlung.
In den Felswänden der 14 km langen Velika Paklenica-Schlucht gibt es zudem ein ausgedehntes Tunnelsystem, das ursprünglich von der jugoslawischen Regierung als Schutzbunker angelegt wurde. Die Parkverwaltung bietet geführte Besichtigungstouren an und plant die Tunnel künftig auch für Veranstaltungen zu nutzen. Bereits heute dient eine der unterirdischen Hallen als Ausstellungsraum.
